V podkroví kostola sídli kolónia netopierov brvitých (M. emarginatus) v počte približne 150 jedincov - samíc aj s mláďatami a menšia skupinka večerníc pozdných (E. serotínus), približne 20 jedincov.
Kostolík má drevené stropy a klenby, preto je pravidelná údrža netopierieho úkrytu nevyhnutná. Aj keď kolónia nie je veľká a guána nevzniká veľa, čistenie podkrovia od guána odľahčí stropy, a zároveň zabráni presakom vlhkého guána na klenby. Uvažujeme tiež nad položením platformy na časť krovu, ktorá by zachytila guáno a umožnila ľahšie čistenie, nakoľko pohyb je možný len po pochôdznej lávke. Tieto opatrenia je vhodné odkonzultovať s pracovníkmi miestne príslušného krajského pamiatkového úradu, aj napriek tomu, že objekt nepatrí medzi pamiatkovo chránené budovy. K dlhodobej životnosti stavby je dôležité zachovať potrebnú cirkuláciu vzduchu pre ochranu krovu a všetkých súčastí interiéru podkrovia.
Dňa 6. 11. 2020 sme zrealizovali čistenie podkrovia od guána. Naplnili sme celkom 8 vriec, ktoré využijú miestni obyvatelia ako kvalitné prírodné hnojivo vo svojich záhradách. Priemyselným vysávačom sme vyčistili vstup do podkrovia, povysávali vyklápacie schody a podlahu pod nimi.
Na jar 2022 sme lokalitu opäť navštívili a pripravili pre ňu ďalšiu pomoc. Nasledovali činnosti: upratanie zhnitých dosiek, výroba podlážky ca 9m2 + náter bochemit, povysávanie podkrovia. natierali sme nielen podlážku ale aj krokvy podňou.. Bol tu problém s presakom vlhkosti z podkrovia na strop kostola - začali sa objavovať fľaky škvrny na strope kvôli akumulúcemu sa vlhkému guánu - takže podlážka tam bola nevyhnutná z tohto dôvodu a zároveň slúži až dozadu ako pochôdzna lávka. Je len položená a skladaná z troch samostatných komponentov, s ktorými sa dá hýbať nezávisle.
Za výnimočnú spoluprácu pri ochrane netopierov ďakujeme farnosti Všetkých svätých a obci Veľká Lodina!